Tüm Ekzom Dizi Analizi (WES)

Tüm Ekzom Dizi Analizi ( Whole Exome Sequencing-WES) testi nedir?

DNA üzerinde yaklaşık 20 bin gen bulunmaktadır. Her genin protein kodlayan dizilerine ekzon; DNA üzerindeki bütün ekzonların toplamına ise ekzom denilmektedir. İnsan genetik hastalıklarının yaklaşık %85’i ekzon bölgelerindeki farklı türdeki değişimlerden kaynaklanmaktadır. Bu nedenle, DNA’nın sadece yaklaşık %1’ni oluşturan bu bölgelerin dizilenmesi tanısal anlamda ciddi öneme sahiptir. Elde edilen dizi, insan referans ekzom dizisi ile karşılaştırılır ve ortaya çıkan her bir değişim hastalık yapma potansiyeline göre sınıflandırılır. Analizler hastanın kliniği doğrultusunda yapılır. 

Tüm Ekzom Dizi Analizi endikasyonları nelerdir?

Tüm ekzom dizi analizi, birçok farklı endikasyonda önerilmektedir. Bunların başında;

  • Nedeni bilinmeyen entellektüel yetersizlikler
  • Etiyolojisi bilinmeyen epilepsiler
  • Otizm Spektrum Bozuklukları
  • Nöropatiler
  • Herediter spastik parapareziler
  • Çoklu konjenital anomaliler
  • Monogenik inflamatuar barsak hastalıkları
  • Retinitis Pigmentoza (tavuk karası)
  • Konjenital sağırlık
  • Davranış bozuklukları

yer almaktadır. Diğer endikasyonlar hakkında bilgi almak için Tıbbi Genetik Uzmanına danışabilirsiniz.

Tüm Ekzom Dizi Analizi testinin avantajları nelerdir?

Tanı oranları her grupta farklı olmakla birlikte %30-80 arasında değişkenlik göstermektedir. WES testi, birçoğu nadir görülen bu hastalıklar için, tanısal anlamda ciddi katkı sağlamaktadır. Ayrıca hastalıkla ilişkili genlerin tek tek dizilenmesi yerine ekzomların dizilenmesi ile zaman açısından ciddi avantaj sağlamaktadır. 

Hastalığın etiyolojisinin tespit edilmesi ile birlikte tedavi olanaklarının tekrar değerlendirilmesi gerekmektedir. Ayrıca ailenin olası gebeliklerinde, hastalığın tekrarlama olasılıkları netlik kazanmaktadır. 

Tanı oranını arttıran faktörler nelerdir? 

Analizler, klinik bulgular doğrultusunda yapılmaktadır. Bu nedenle klinik bulguların doğru tanımlanması önemlidir. Hastada mevcut anomalilerin tanımlanması için görüntüleme ve laboratuvar tetkiklerinin tamamlanması gerekir. Aile ağacı ile hastalığın kalıtım modelinin belirlenmesi, analizi kolaylaştıran faktörler arasında yer almaktadır. 

Çalışmanın kapsama alanının büyüklüğü, okuma derinliği, güncel biyoinformatik yazılımlar gibi teknik veriler de tanı oranını etkileyen faktörlerdendir. İndeks vaka analizlerinin varsa ailede etkilenmiş başka olgular ile birlikte analiz edilmesi veya gerektiğinde anne ve babasının da çalışmaya alınması tanı oranını arttırmaktadır. Tanı oranını arttıran diğer faktörler ise, büyük delesyon(kayıp) ve büyük duplikasyonların (artış) analizine imkan veren kopya sayısı değişikliği (CNV) analizleri ve önceki hasta verilerinin etkin kullanılmasını sağlayan bioinformatik yazılımlardır.

Diğer Önemli Konular

WES sonuçlarının genetik danışma eşliğinde verilmesi ve gerektiğinde tespit edilen varyantların ailedeki diğer bireylerde varlığının araştırılması önemlidir. Sonuçların mutlaka hastanın kliniği ile birlikte değerlendirilmesi gerekmektedir. Tanı konulamayan olgularda, elde edilen verilerin 1 yıl sonra güncel bilgiler ışığında araştırılması ya da hastanın tüm genom analizine yönlendirilmesi önerilir.

Klinik önemi belirsiz varyantların önemi, hastanın klinik bulguları ve aile çalışmaları ile kısmen aydınlatılabilmektedir. Farklı uygulamalar olmakla birlikte, klinik ile uyumlu olmayan taşıyıcılıklar ve ACMG (American College of Medical Genetics) ’nin önerileri dışında yer alan tesadüfi bulgular raporlama kapsamına girmemektedir.